Debido a sus fuertes pendientes, cañones, valles y montañas escarpadas las Yungas Peruanas son una región en extremo frágil. Son categorizadas como tierras de protección más que de uso. Sus suelos son pobres y no sirven para agricultura o ganadería en gran escala y las alteraciones en sus hábitats traen rápidas consecuencias en las poblaciones de animales y de plantas.

A través del último siglo ha recibido una creciente influencia humana, al principio como área de paso (caminos y carreteras) hacia tierras más bajas y luego como territorio ocupado por la actividad agropecuaria. Así, algunas áreas han sido severamente afectadas por deforestación, erosión de suelos y deterioro de recursos genéticos.

Entre las principales amenazas se encuentran la expansión agropecuaria, que involucra no solo productos de pan llevar sino también los cultivos de coca y amapola. La expansión de agricultura involucra la deforestación del bosque y con ello la pérdida del hábitat para las especies.

Además se encuentra la extracción de recursos naturales tanto de flora como de fauna, que trae consigo el comercio ilegal de especies. Por otro lado la construcción de carreteras, la minería y la extracción de gas son actividades que tienen que ser evaluadas cuidadosamente, ya que llevadas a cabo sin tener en cuenta el medio ambiente pueden poner en juego el equilibrio ecológico.